参考文献应该不算，因为提供的参考文献主要用于确定正文中重复的地方是否属于引用。

首先可以明确清楚的是，硕士论文的正文是必查部分，除此之外，硕士论文内容的查重范围还包括有论文封面、声明、摘要、致谢、参考文献和论文附录等，如果将论文的开题报告也上传了的话，也是会进行重复率检测的。

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包括附录摘要的 参考文献目录不包括

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